En 2009, l’OEC (Office de l'environnement de la Corse) et la municipalité de Bonifacio ont décidé de travailler ensemble sur un projet d’Agenda 21 local. Deux ans plus tard, en février 2011, des étudiants de Grenoble et de Laval au Québec ont eu à rédiger des travaux d’études sur le territoire communal, qui ont été intégrés à la réflexion globale préalable à la phase opérationnelle d’élaboration de l’Agenda 21. Suite à cette première étape, la Ville a lancé son diagnostic concerté. Au cours de l’année 2012, des ateliers thématiques de participation citoyenne (déchets, énergie, biodiversité, patrimoine, ...) vont permettre de dresser un état des lieux du territoire et de ses enjeux.